Neben Stipendien (Deutsche Stiftung Musikleben, Studienstiftung des Deutschen Volkes, Villa musica / Mainz, Stipendium des Bundespräsidenten beim Deutschen Hochschulwettbewerb) gewann Christina Fassbender 1997 den 3.Preis beim Internationalen Instrumentalwettbewerb in Markneukirchen und 2001 den Preis des Deutschen Musikwettbewerbs in Berlin.

Von 1996 bis 1999 war sie Flötistin im Münchner Rundfunkorchester.
Von 1999 bis Oktober 2012 war sie 1. Soloflötistin im Orchester der Komischen Oper Berlin.
Als Soloflötistin wirkte sie zudem in Orchestern wie dem Berliner Philharmonischen Orchester, dem Orchester der Bayerischen Staatsoper München, der Staatskapelle Berlin, dem Sinfonieorchester des WDR und vielen anderen mit.

Christina Fassbender trat sowohl mit Kammerensembles als auch als Solistin in Deutschland, Spanien, Italien, Japan, Norwegen, Chile, Costa Rica, USA und Kanada auf.

Als Solistin konzertierte sie u.a. mit dem Radiosinfonieorchester Berlin, dem Orchester der Beethovenhalle Bonn, dem dem Orchester der Komischen Oper Berlin,dem Konzerthausorchester, Berlin, der Radiophilharmonie des NDR Hannover, den Lucerne Festival Strings , dem Litauischen Kammerorchester, dem Folkwang-Kammerorchester, dem Deutschen Kammerorchester und vielen anderen. Mit dem SDR und dem SFB , dem WDR, dem MDR und NDR, dem Deutschlandradio entstanden zahlreiche Rundfunkaufnahmen, außerdem existieren diverse CD-Aufnahmen bei den Labels Ars musici und Hänssler.

Christina Fassbender war mehrfach als Dozentin bei internationalen Meisterkursen in Deutschland, Österreich, der Schweiz und Griechenland sowie als Jurorin bei nationalen (Deutscher Musikwettbewerb 2014) und internationalen Wettbewerben tätig.

Zu ihren wichtigsten Kammermusikpartnern zählen das Trio Wiek, der Harfenist Volker Sellmann, das Klenke Quartett Weimar, das Ma´alot Quintett sowie das Scharoun Ensemble Berlin. Daneben konzertierte sie mit Künstlern wie Daniel Hope, Kit Armstrong , Jonathan Kelly , Jana Bouskova , der Schauspielerin Eva Mattes u.v.a..

Sie spielt regelmässig in Ensembles wie dem Ensemble Resonanz , Hamburg und der Klangverwaltung, München.

Nach Lehraufträgen an den Musikhochschulen Lübeck, Hanns Eisler ,Berlin und Rostock folgte sie zum November 2012 einem Ruf als Professorin an die Westfälische Wilhelms-Universität Münster (Nachfolge Prof. Konrad Hünteler). Zum Beginn des Sommersemesters 2015 wechselte Christina Fassbender in selber Position an die Hochschule für Musik Würzburg. Zum Wintersemester 2017/18 wird sie einem Ruf als Professorin an die UDK Universität der Künste in Berlin folgen.